מקורות הקראטה הגיﬠו לידינו בתﬠרובת של אגדה והיסטוריה.
אמנות לחימה זו הגיעה אלינו מאוקינאווה והיא התפתחה שם לרמה גבוהה, בעיקר כתוצאה מהשפעה סינית ושתי תקופות (משנת 1400 לערך ומשנת 1609), שבהן נאסר על התושבים לאחוז בנשק. כמו באמנויות לחימה אחרות במזרח הרחוק, קושרת המסורת את התפתחות הקראטה לעניינים שברוח. לפני כ-1500 שנה פיתח הנזיר בודהידהארמה, מייסד הזן- בודהיזם, במנזר שאולין, תרגול גופני לבניית יכולת התמודדות של תלמידיו עם תורתו הרוחנית והגופנית.
בהשפעת נזירי שאולין פותחו בסין שיטות לחימה ביד ריקה שהיו לתורת לחימה שנקראה שאולין-ג’י קמפו או קונג פו. יחד עם אסכולה דינמית ומהירה זו התפתחה בסין אסכולה הידועה בעצמתה הרבה וביציבות של תנועותיה.
אומנויות הלחימה הסיניות הגיעו גם לאי אוקינווה הנמצא מדרום ליפן ואשר נשלט על ידי יפן החל משנת 1609.
תושבי האי פתחו כבר בתקופות קדומות מאד טכניקות לחימה בידיים ריקות. ההוראה נעשתה בחשאי וניתנה למספר מצומצם של תלמידים. לצד זה התפתחו טכניקות של שימוש בכלים שהיו בידי עובדי האדמה. במהלך השנים הגיעו לאי נציגים דיפלומטיים סינים, שהיו מומחים לאגרוף סיני ואנשים מאוקינווה למדו אגרוף סיני בסין.
אלה ואלה הפיצו את אמנותם באי וההשפעה הסינית הזו הוסיפה עידון, תחכום וגישה פילוסופית לטכניקות הפשוטות והריאליסטיות שפיתחו אנשי אוקינווה.
מאסטר פונקושי (1868-1957) היה בעל ההשפעה הגדולה ביותר על התפתחות הקראטה במאה העשרים.הוא היה תלמיד של שני האמנים הגדולים בזמנו, אזאטו ואיטוסו. על רקע תקופת הפתיחות שהחלה ביפן באמצע המאה התשע עשרה, נחשף הקראטה לציבור הרחב ולאנשי השלטון היפני מראשית המאה העשרים. באביב 1922 עמד מאסטר פונקושי בראש משלחת של מחוז אוקינווה אשר הציגה את הקראטה בכינוס ספורט כלל יפני שנערך בטוקיו.
בעקבות פניות של גופים ציבוריים חשובים ואמני לחימה יפניים, נשאר מאסטר פונקושי, בן החמישים ושלוש, ביפן ולימד בה קראטה. במשך השנים פיתח שיטת לימוד והוראה, כולל תשע עשרה קאטות וכן התקדמות בדרגות “קיו“ עבור מתחילים ו”דאן”, ﬠבור מתקדמים. ב-1935 פרסם את המהדורה הראשונה של הספר המסכם את שיטתו: “קראטה- דו קיוהאן”. שנה לאחר מכן נפתח הדוג’ו הרשמי הראשון של המאסטר וניתן לו השם: ײשוטוקאן” – “הבית של שוטו”. (שוטו” היה שם הﬠט של המאסטר).
לאחר מלחמת העולם השניה פרחה אמנות הקראטה ביפן. זמן קצר לפני מותו של מאסטר פונקושי (1957) החלו לפעול שתי קבוצות ראשונות של קראטה מחוץ ליפן. ב-1955 החל מיצוסוקה האראדה ללמד בברזיל, וצוטומו אושימה בארצות הברית.
צוטומו אושימה נולד ב-1930 בצפון סין למשפחה יפנית. בילדותו ובנעוריו למד סומו, ג’ודו וקנדו. לאחר מלחמת העולם למד כלכלה באוניברסיטת וואסדה, הנחשבת לאחת הטובות ביפן, שם גם החל ללמוד קראטה תחת השגחתו הישירה של מאסטר פונאקושי. בשנת 1952 הוא היה לקפטן של הדוג׳ו של וואסדה. הוא עבר את הבחינה הכלל-יפנית לסאנדאן בציונים הגבוהים ביותר ומאסטר פונאקושי הﬠניק לו את הדרגה באופן אישי.
בשנה הזו גם פיתח סנסיי אושימה את שיטת השיפוט של ארבעה שופטי פינות המשמשת תחרויות אף היום. בשנת 1955 נסע סנסיי אושימה ללוס אנג’לס כדי ללמוד שם כלכלה. לבקשת אחד מחבריו ללימודי אנגלית הוא החל ללמד קראטה קבוצה קטנה של מתאמנים במרץ 1956. עם הגידול במספר התלמידים והמועדונים הוקמה ב-1959 “אגודת הקראטה של דרום קליפורניה”. באותה שנה יצא לביקור בדרום אמריקה ואירופה בדרכו ליפן ולימד קראטה במספר ארצות. בשנת 1963 הוא שב ללוס אנג’לס.
בשנת 1967 הוא הביא ליפן קבוצה של ותיקי שוטוקאן ארצות הברית שערכה שם אימונים משותפים ותחרויות עם עמיתיהם היפנים. הביקור הזה היה ראשיתה של מסורת ומאז מבקרות קבוצות של שוטוקאן מרחבי העולם ביפן, פעמים רבות בהדרכתו האישית של הסנסיי (המורה). גידול נוסף של מספר המתאמנים והתפשטות המועדונים הביאו להקמת אגודה כלל ארצית: “שוטוקאן קראטה של אמריקה” (“SHOTOKAN KARATE OF AMERICA”).
בשנת 1973 יצא לאור התרגום של ספרו הנ”ל של מאסטר פונאקושי “קראטה-דו קיוהאן“ לאנגלית. התרגום נעשה על ידי סנסיי אושימה באישור משפחתו של המאסטר וארך עשר שנים. התרגום הזה נתן בידי קוראים מן המערב את ספר היסוד של שוטוקאן. לאחר מכן תורגם הספר גם לצרפתית.
שוטוקאן צרפת היה “ארגון האח” ממנו הוקם והתפתח “שוטוקאן ישראל”. אושימה סנסיי אימן ב-1960 ו 1962 קבוצה של צעירים שהתענינו באמנויות הלחימה, ביניהם דניאל שמלה, אשר הוביל את שוטוקאן צרפת במשך שנים רבות. לקבוצה, שפעלה בפאריס, הצטרפה במחצית השניה של שנות השישים קבוצה שעסקה באמנויות לחימה במרסיי (שכללו בין היתר את פאול אל עזרא, נשיא שוטוקאן ישראל בעבר והיום גודאן וראש דוג’ו רעננה). מאיר יהל, מייסד שוטוקאן ישראל ונשיאה הראשון, החל להתאמן בדוג’ו בפאריס ב-1964, שנת הקמת שוטוקאן צרפת.
בראשית שנות השבעים החלה הפריצה הגדולה של שוטוקאן מחוץ לגבולות ארצות הברית וצרפת על ידי בעלי חגורות שחורות שלמדו בארצות אלה ובעידודם של אושימה סנסיי ובכירי שוטוקאן. כך הוקמו אירגוני שוטוקאן בישראל, קנדה, מרוקו, שוויץ, גאבון, ספרד, קוראסאו, בלגיה, גרמניה, יוון ו…יפן. אירגונים אלה מקיימים קשרים הדוקים ומפגשים מקצועיים תכופים.